El juez indicó que la empleada, que murió en un hospital en junio de 2011, solo pesaba 26 kilos cuando falleció.
Diarios locales informaron que Isti Komariyah no había recibido ningún salario desde que comenzó a trabajar para la pareja dos años y medio atrás.
Los condenados, que serán ahorcados, han negado todos los cargos en su contra.
El caso llegó a la corte poco después de que Malasia e Indonesia firmaran un acuerdo para mejorar la situación de las empleadas domésticas indonesias en el primer país.
El acuerdo incluía el beneficio de contar con un día libre a la semana y de mantener sus pasaportes en su poder.
Indonesia prohibió los viajes de sus ciudadanos a Malasia entre 2009 y 2011 luego de una serie de casos muy difundidos de explotación y abusos.