A lo largo de su mandato, Samuel Joaquín Flores se vio envuelto en situaciones contrastantes, que pasaban de las acusaciones públicas al reconocimiento social por gobernantes, pues por un lado fue acusado de violación, bigamia y enriquecimiento ilícito con la compra de un rancho valuado en 1.7 millones de dólares, este último en 2008.

En 1988, un grupo de mujeres acusaron haber sido abusadas sexualmente por Samuel Joaquín, sin embargo, el caso se cerró puesto que los supuestos abusos no pudieron comprobarse.

En 1997, una nueva acusación sobre violación sexual se hizo pública, en este caso, un hombre que señaló haber sido víctima de abuso cuando era menor de edad por parte del líder religioso.

En 2004, a través de una serie de reportajes televisivos, se expusieron supuestos casos de violación con testimonios de ex integrantes de La Luz del Mundo.

En 2008, Samuel Joaquín adquirió una propiedad en Texas, la cual supuestamente estaría valuada en 1.7 millones de dólares e incluye un zoológico privado con animales exóticos.

En Internet existen diversos portales, algunos administrados por quienes se dicen ex miembros de la congregación, los cuales son dedicados a señalar supuestos abusos, nexos políticos y otras irregularidades.